UIWebViewDelegateのwebView:shouldStartLoadWithRequest:navigationType:ではaタグのクリックはUIWebViewNavigationTypeLinkClicked、JavaScriptのlocation.hrefではUIWebViewNavigationTypeOtherをnavigationTypeの値として受け取ります。

申請済みのアプリで下記のように処理を分けている場合、

- (BOOL)webView:(UIWebView *)webView shouldStartLoadWithRequest:(NSURLRequest *)request navigationType:(UIWebViewNavigationType)navigationType{
    if (navigationType == UIWebViewNavigationTypeLinkClicked) {
        // fire event for click
    } else if (navigationType == UIWebViewNavigationTypeOther) {
        // fire event for other
    }
    return YES;
}

「aタグ用のイベントをJavaScriptで実行したい」という状況があったとします、あったんです。 この場合、次のようにして実現します。

まず、location.hrefを使っているところを下記のように変更します(jQueryを使用しています)。

// location.href = 'https://yutmr.com';
$('#link-id')[0].click();

そしてHTMLの方に下記のようなaタグを追加します

<a href="https://yutmr.com" id="link-id"></a>

これでアプリ側でUIWebViewNavigationTypeLinkClickedのイベントを実行することが出来るようになりました。

参考

javascript - How can I simulate a click to an anchor tag? - Stack Overflow